Gmina Nawojowa położona jest w Beskidzie Sądeckim (Złotne, Homrzyska, Żeleźnikowa Mała, Bącza Kunina, część Frycowej) i Niskim (Popardowa i część Frycowej) oraz Kotlinie Sądeckiej (Nawojowa i Żeleźnikowa Wielka).

Cała gmina leży w dorzeczu Kamienicy Nawojowskiej za wyjątkiem Żeleźnikowej Wielkiej z której wody spływają do Popradu. Kamienica Nawojowska stanowi dorzecze Dunajca (II rzędu), które z kolei stanowi dorzecze Wisły (I rzędu) i w efekcie zlewnię Morza Bałtyckiego.

Teren gminy znajduje się w zasięgu występowania Głównego Zbiornika Wód Podziemnych - Dolina Rzeki Dunajec.

Gmina wg regionalizacji ekoklimatycznej należy do strefy ekoklimatycznej G-karpackiej, makroregionu ekoklimatycznego - 4 gór średnich Beskidu Sądeckiego. Klimat ten ma charakter górski, a więc spadek średniej temperatury i wzrost średniej ilości opadów przebiega wraz ze wzrostem wysokości nad poziom morza. Duże znaczenie ma również ekspozycja słoneczna i rzeźba terenu.

Panującymi wiatrami są wiatry z kierunków zachodnich i południowych. Długość zalegania pokrywy śnieżnej jest zróżnicowane w zależności od wysokości n.p.m. oraz wystawy terenu od 100 do 140 dni.

Długość okresu wegetacyjnego waha się w granicach od 170 do 220 dni. Częstym zjawiskiem występującym w górach są zakłócenia pionowego układu termicznego, zwane inwersją temperatury.

Obszar gminy w 43% pokryty jest lasami co odpowiada średniej lesistości powiatu nowosądeckiego.

Udział poszczególnych gatunków przedstawia się następująco:

- jodła pospolita ok. 50%,

Ciekawe są liczne gatunki wierzb nad rzeką Kamienicą m.in. wierzba uszata, szara, osika, iwa, wawrzynkowa, siwa, krucha, laurowa, purpurowa, trójpręcikowa, wiciowa i inne.

Wśród krzewów należy wymienić naturalne fragmenty z porzeczkami; czerwoną, czarną i agrestem w rejonie Złotnego i Popardowej. Licznie występuje bez czarny i koralowy.

Na wyróżnienie zasługuje wawrzynek wilcze łyko pięknie kwitnący jeszcze przy pokrywie śnieżnej o liliowych kwiatach kwitnących przed rozwojem liści. Z bardziej dekoracyjnych należy wymienić jarzębinę koralową, głóg jedno i dwuszyjkowy, tarninę i kalinę koralową.

Ciekawy świat paproci, mchów, porostów i grzybów. Szczególnie te ostatnie zasługują na wyróżnienie ze względu na coraz liczniejsze w ostatnich latach występowania. Głównie gatunki szlachetne i jadalne takie jak borowiki i rydze. Jest to dowodem na zdecydowaną poprawę czystości gleb, wód i powietrza.

Wśród płazów najciekawsze to salamandra plamista zwana też jaszczurem górskim, kumak górski i traszka karpacka. Z gadów warto wymienić gniewosza plamistego i jaszczurkę żyworodną. Z ryb należy pamiętać o gatunkach chronionych takich jak, głowacz pręgopłetny, koza, strzelba potokowa i śliz.

Niezwykle bogaty i ciekawy jest świat ptaków m.in. gatunki pod ścisłą ochroną i zagrożone jak: zimorodek, dzięcioł białogrzbiety, wilga, dudek, kraska, bocian czarny, głuszec, puchacz, orlik krzykliwy, orzeł przedni.

Ssaki na terenie gminy posiadają przedstawicieli równie ciekawych i rzadkich, a najciekawsze to koszatka, popielica, wydra, żbik, ryś, wilk, niedźwiedź brunatny.

Podsumowując należy stwierdzić, że przyroda gminy Nawojowa należy do niezwykle wartościowych, a często unikatowych fragmentów naszej przyrody ojczystej i należy ją otoczyć staranną opieką oraz dbałością, aby pozostała zachowana dla przyszłych pokoleń w stanie co najmniej tak dobrym jak obecnie.